Narra la tragedia de Elvira, una mujer transgénero (anteriormente llamado Erwin, casado y con hijos), transformado en mujer por amor a un hombre. Cuando su amante le rechaza, Elvira comienza un peregrinaje por su pasado.

Inspirada en parte en el examante de Fassbinder, quien se suicidó antes de la realización de la película, Un año con 13 lunas es una obra personal y con la típica provocación del director alemán. Conflicto de clase, transformación de género y amor dan forma a esta trágica historia sobre el rechazo.