Nel Messico del XVI secolo si sta diffondendo la peste e l’Inquisizione spagnola decide di cacciare gli ebrei, ritenuti la causa del morbo. Al funerale del padre, un monaco osserva i riti funebri ebraici officiati dalla sua famiglia e la denuncia, con conseguenze devastanti per tutti.

Tratto dalle trascrizioni ufficiali dei processi, il film narra la storia sconvolgente delle persecuzioni contro gli ebrei nel Messico coloniale. Apprezzato dai critici e in lizza per la Palma d’oro, The Holy Office comunica chiaramente il rifiuto del regista per qualsiasi tipo di intolleranza.