Een plaag verspreidt zich door het 16e eeuwse Mexico, en de Spaanse inquisitie roeit Joden uit, want men denkt dat zij de oorzaak zijn. Op de begrafenis van zijn vader observeert een monnik joodse begrafenisrituelen. Hij geeft zijn familie aan, wat leidt tot verwoestende gevolgen voor hen allemaal.

Gebaseerd op transcripties van processen, vertelt Arturo Ripstein’s aangrijpende, visuele drama een schokkend verhaal van Joodse vervolging in het koloniale Mexico. In competitie voor de Palme d’Or en een hit bij critici, toont The Holy Office Ripstein’s afwijzing van elke vorm van intolerantie.