Lobo Solitário narra a história de Ogami Ittō, o carrasco do Shogun que usa uma espada de batalha dōtanuki. Desonrado por falsas acusações do clã Yagyū, ele é forçado a tomar o caminho do assassino. Junto com seu filho de três anos de idade, Daigorō, eles procuram vingança sobre o clã Yagyū.