Après une rupture, Elvira, une femme transgenre qui a fait un énorme sacrifice par amour, lutte pour réconcilier sa vie passée avec son identité actuelle. Elle se souvient de son enfance religieuse, de son travail de bouchère et de sa rencontre avec Anton, un ancien amant qui a changé sa vie.

Inspiré par l’ex-amant de Fassbinder, qui s’est suicidé avant le tournage, L’Année des treize lunes est un film personnel et une provocation typique du cinéaste. Le conflit des classes, le changement de genres et le mal d’amour sont autant d’éléments qui façonnent ce récit tragique sur le rejet.