Op het strand van Nishi is een gigantisch ei aangespoeld, wat de aandacht trekt van een ondernemer die een themapark wil bouwen. Wanneer Godzilla ontwaakt, wendt een verslaggever zich tot de stervende insectengod Mothra voor hulp en barst een strijd los om het ei, en Japan, te redden.

Ishirō Honda introduceert de gigantische vlinder in de filmreeks en creëert daarmee een van de beste delen uit de Godzilla-reeks. Mothra, die symbool staat voor hoop tegenover de ongebreidelde woede van haar aartsvijand, geeft de epische strijd tussen goed en kwaad in de film een unieke ontroering.